Kewujudan Sekretariat Falsafah dan Sains Islam adalah satu initiatif untuk mengintegrasikan kegiatan intelektual mengenai Falsafah dan Sains Islam dijalankan khususnya di Malaysia dan peringkat global amnya. Penyelarasan yang sistematik dengan usahasama para ilmuwan dan sarjana tempatan dan luar negara mampu membawa pembaharuan pemikiran di kalangan umat Islam dalam menangani cabaran kotemporari dengan bertunjangkan kepada falsafah dan sains Islam yang bersifat dinamik serta kerelevanan sepanjang zaman